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Analyse du GENome des Animaux d'Elevage

Agenae

Résultats scientifiques

Un programme qui porte ses fruits
  • L’acquisition de résultats majeurs sur la structure des génomes des 4 espèces de référence (bovin, porc, poule, truite) et d'espèces additionnelles (ovin, caprin, canard) (séquences de gènes et cartographie globale des génomes), se traduisant par une participation efficace des équipes françaises aux consortiums pour le séquençage complet des génomes d’animaux.
  • La contribution à la création d’outils de génotypage pour les espèces concernées (bovin, caprin, ovin, porc) et d’outils de génomique fonctionnelle.
  • L’analyse du déséquilibre de liaison et des traces de sélection chez le porc, le mouton et la chèvre.
  • La découverte de gènes ayant un impact majeur sur des caractères d’intérêt économique (sur la qualité de la viande notamment) et de régions chromosomiques précises impliquées dans la variabilité de caractères majeurs (production laitière, fertilité mâle et fertilité femelle chez les bovins ; résistance à une infection virale chez la truite ; croissance, engraissement et qualité de viande chez le porc, la truite et le poulet, qualité du foie gras et du magret chez le canard, anomalies congénitales chez le porc, comportement et résistance aux maladies chez les ovins et la truite…).
  • L’identification de marqueurs biologiques variés : de la qualité du sperme, de l’état sanitaire de la mamelle, de la composition du lait et de la qualité des viandes.
  • La mise au point d’une méthode de sélection génomique fiable, transférée depuis 2008 aux entreprises de sélection de bovins laitiers. Cette méthode acquise en totalité dans le cadre du GIS a bouleversé l’activité du secteur, amélioré son efficacité en augmentant le progrès génétique annuel notamment pour des caractères fonctionnels à faible héritabilité mais à fort intérêt pour les systèmes de production répondant aux critères du développement durable.
  • L’augmentation du nombre de ces caractères fonctionnels sélectionnés chez les bovins (résistance naturelle aux maladies, longévité, caractères liés au bien-être animal…..).
  • Le développement de méthodes de calcul et d’imputation ouvrant des perspectives de constitution de populations de référence multiraciales et, en conséquence, de sélection génomique dans les races bovines à faible effectif.
  • La mise au point chez la poule de méthodes permettant d'exploiter les données transcriptomiques pour caractériser des caractères complexes et affiner les régions génomiques responsables de leurs variations.
  • La genèse d'informations permettant l'évolution des formules alimentaires pour les poissons d'élevage, moins dépendantes des ressources marines.
  • L'analyse de la part génétique de la réponse immune chez le porc (paramètres génétiques, corrélation avec les caractères de production, régulation de l’expression des gènes).
  • La mise au point d’une méthode de caractérisation génétique des souches de pasteurelles en cause dans les maladies respiratoires du lapin.

La valorisation des données recueillies dans le cadre des projets conduits entre 2002 et 2012 se poursuit. En particulier, les projets en cours permettront d’étendre la sélection génomique à d’autres espèces (Bovins viande, ovins, caprins, porc et poule). Par ailleurs, l’étude des interactions entre le système immunitaire de l’hôte et le microbiote intestinal du porc pourrait permettre une meilleure compréhension des mécanismes de résistance/susceptibilité aux agents pathogènes.

Ces résultats scientifiques ont été valorisés dans de nombreuses publications dans des revues internationales de haut niveau. Ils ont aussi pesé sur l’innovation, en particulier avec le déploiement de la sélection génomique. Ainsi en bovins lait, plus de 60% des taureaux disponibles pour l’IA sont issus d’une indexation génomique, permettant d’une part d’accélérer le progrès génétique et d’autre part de diversifier la base génétique pour les caractères non sélectionnés.

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