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Analyse du GENome des Animaux d'Elevage

Agenae

Les objectifs

Les principaux objectifs généraux sont, par une mise en commun de moyens, les suivants :

- faire progresser les connaissances fondamentales à caractère universel sur la structure et le fonctionnement des génomes, l’épigénèse et l’interaction génome de l’hôte, microbiote digestif et nutriments
- créer des ressources biologiques et technologiques communes dans le domaine de la génomique animale et des systèmes bioinformatiques,
- poursuivre et amplifier la formation des scientifiques et des cadres aux techniques de pointe de la génomique animale,
- mettre à la disposition des filières les outils issus de la génomique
- favoriser le développement d'activités innovantes, créatrices d'emplois, valorisant les acquis via un mode de propriété intellectuelle adapté.
- donner une réelle dimension européenne aux activités par la mise en place et la participation à des projets internationaux de recherche fondamentale et appliquée et par la mobilité des chercheurs.

Parmi ces grandes orientations, Agenae se donne quatre objectifs principaux, compte tenu des acquis des deux périodes précédentes et des avancées technologiques, en matière de séquençage et de génotypage à très haut débit

Objectif 1 : Valoriser les acquis technologiques de la première période et exploiter le matériel génétique constitué pour localiser les gènes importants et acquérir une compréhension intégrée du fonctionnement des régions génomiques et des gènes impliqués dans les fonctions majeures pour l’élevage. Maîtriser le changement d’échelle en matière de séquençage et de génotypage à haut débit. Adapter ce changement d’échelle au phénotypage à haut débit. Parmi les technologies acquises récemment, l’effort de poursuivre l’amélioration de la méthode de sélection génomique et de son application à toutes les races et espèces concernées par Agenae sera maintenu.

Objectif 2 : Acquérir les connaissances en génomique qui permettront de maintenir et améliorer la position internationale des équipes françaises impliqués dans la génomique animale, la nutrigénomique et la métagénomique. Affirmer leur place dans les consortiums internationaux en participant en priorité au séquençage des génomes et à la caractérisation de la diversité des génomes à l’échelle des génomes entiers. En particulier, une large place sera faite à la connaissance des microbiotes qui y sont asssociés et à leur interaction avec leurs hôtes

Objectif 3 : maintenir et approfondir la maîtrise des outils et des méthodes : renforcer l’expertise en génomique fonctionnelle (transcriptomique, protéomique) ; poursuivre l’investissement intellectuel en informatique, en phylogénomique et en modélisation mathématique. Etendre les travaux de génomique à l’épigénétique, la métabolomique, l’imagerie fonctionnelle et aux interactions entre génomes des microorganismes et génomes et physiologie de leurs hôtes, en particulier dans leur dimension santé. La synergie entre la recherche publique et les secteurs professionnels sera favorisée pour investir les domaines de la génomique fonctionnelle en vue de renforcer les performances des animaux dans un contexte de développement durable : santé et robustesse, efficacité alimentaire et rejets, qualité des produits,

Objectif 4 : Le phénotypage est le socle commun indispensable aux trois objectifs précédents. Agenae portera donc une attention particulière à ces travaux dans 4 directions : le recueil de performances en ferme, le phénotypage fin en station, le phénotypage à haut débit et la construction et l’exploitation des bases de données.